早期，商業(yè)化加工果糖主要以菊粉為原料。通過控制菊粉多聚果糖(Polyfructan)的水解，其中β-(1→2)糖苷鍵斷裂，釋放出含量豐富的呋喃果糖，呋喃果糖隨后轉化成更為穩(wěn)定的異構物吡喃果糖。此法生產成本高，不適合果糖的大規(guī)模加工需要。

1847年法國Dubrunfant的開拓性果糖加工的工作，以蔗糖為原料。20世紀60年代期間，歐洲開始工業(yè)化生產結晶果糖。所用的方法是通過蔗糖的轉化生成果糖和葡萄糖，之后通過離子排斥工藝來分離和純化，最后嚴格控制果糖的結晶，加工純結晶果糖。但是，果糖在水中的溶解度大，達到結晶過飽和度時的粘度太高，結晶操作困難，化學穩(wěn)定性較低，整個生產周期超過一周。

1981年，密西西比河岸邊的美國伊利諾斯州的湯姆遜城出現了世界上最大的純結晶 果糖制造廠(名叫Xyrofin)。它是以液體葡萄糖漿為原料，經純化和酶異構化后，利用傳統(tǒng)的蔗糖提取果糖生產技術制造出質量特別高的結晶果糖，整個生產周期縮短至5天。

目前，以果葡糖漿生產工藝為基礎，利用酶技術生產出結晶果糖。

工藝流程：

葡萄糖富集液 →回流 → 異構化酶柱 → 果葡糖漿

精致果葡糖漿 → 色譜分離 → 果糖富集液 → 濃縮 →加入晶種→ 冷卻 →結晶 →

果糖母液 →回流 → 濃縮

離心分離 →果糖結晶 → 洗滌 → 干燥 → 篩分 →結晶果糖

42%果葡糖漿經過模擬流動床色譜分離得高純度果糖富集液(含果糖97%，干基)，再經單效蒸發(fā)器濃縮至物質含量大于70%，在此糖漿溶液或醇—水系統(tǒng)中加入晶種進行冷卻結晶，溫度慢慢由60℃降至25℃，約有50%果糖結晶析出，果糖母液再回流。然后，經過離心機分離、蒸餾水洗滌、干燥、篩分等工藝處理，最后得到無水β-D-果糖結晶。結晶果糖吸濕性大，需在相對濕度低于45%的環(huán)境密封保存。